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Apr 27, 2023

Metagenômica

Nature Microbiology volume 8, páginas 1108–1122 (2023) Cite este artigo

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Os morbillivírus estão entre os patógenos virais mais contagiosos dos mamíferos. Embora pesquisas metagenômicas anteriores tenham identificado sequências de morbillivírus em morcegos, os morbillivírus completos de morcegos são limitados. Aqui caracterizamos o morbilivírus Myotis bat (MBaMV) de um programa de vigilância de morcegos no Brasil, cujo genoma completo foi publicado recentemente. Demonstramos que a fusão e a proteína de ligação ao receptor do MBaMV utilizam o CD150 de morcego e não o CD150 humano, como um receptor de entrada em uma linha celular de mamífero. Usando genética reversa, produzimos um clone de MBaMV que infectou células Vero expressando CD150 de morcego. A microscopia eletrônica de células infectadas com MBaMV revelou brotamento de vírions pleomórficos, uma característica característica do morbilivírus. A replicação do MBaMV atingiu 103-105 unidades formadoras de placas ml-1 em linhas de células epiteliais humanas e foi dependente de nectina-4. A infecção de macrófagos humanos também ocorreu, embora 2 a 10 vezes menos eficiente do que o vírus do sarampo. É importante ressaltar que o MBaMV é restringido pela neutralização cruzada de soros humanos induzidos pela vacinação contra sarampo, caxumba e rubéola e é inibido por inibidores da polimerase oralmente biodisponíveis in vitro. Os genes P/V codificados por MBaMV não antagonizaram a indução de interferon humano. Finalmente, mostramos que o MBaMV não causa doenças em morcegos frugívoros jamaicanos. Concluímos que, embora o transbordamento zoonótico em humanos possa ser teoricamente plausível, a replicação do MBaMV provavelmente seria controlada pelo sistema imunológico humano.

Os morcegos são importantes hospedeiros reservatórios de muitos vírus com potencial zoonótico1. O coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave, o vírus Ebola e o vírus Nipah são exemplos de vírus que causaram epidemias e pandemias mortais quando se espalharam de morcegos para populações humanas e animais2,3. A vigilância cuidadosa de vírus em morcegos é fundamental para identificar potenciais patógenos zoonóticos. No entanto, pesquisas metagenômicas em morcegos geralmente não resultam em sequências virais completas que podem ser usadas para regenerar esses vírus para caracterização direcionada4, pelo menos não sem muito esforço adicional, como amplificação rápida 3 'e 5' de extremidades complementares do DNA. Melhorias nas tecnologias de sequenciamento e bioinformática permitiram conjuntos de genomas mais completos. Três pesquisas metagenômicas publicadas no ano passado confirmam que morcegos e, em menor grau, musaranhos e roedores, são hospedeiros de diversos paramixovírus5,6,7 que compreendem vários gêneros (Jeilongvirus, Morbillivirus e Henipavirus). Sequências metagenômicas, embora completas, não podem no momento fornecer informações suficientemente precisas sobre os fenótipos virais in vitro e in vivo. Investigações virológicas detalhadas ainda são necessárias para concretizar as descobertas taxonômicas.

Os morbillivírus estão entre os patógenos virais mais contagiosos que infectam mamíferos. Embora numerosas sequências parciais de morbillivírus tenham sido identificadas em morcegos e roedores4,5 em pesquisas metagenômicas, nenhum morbillivírus autêntico completo foi isolado ou caracterizado de hospedeiros quirópteros. O gênero morbillivirus inclui o vírus do sarampo (MeV), vírus da cinomose canina (CDV), vírus da peste bovina, vírus da cinomose focina, morbillivírus dos cetáceos, vírus da peste dos petis ruminantes e morbillivírus felino8. Um morbillivírus suíno foi recentemente descrito como a provável causa de morte fetal e encefalite em porcos9. Todos os morbillivírus causam doenças graves em seus hospedeiros naturais10,11,12,13,14, e a patogenicidade é amplamente determinada pela expressão espécie-específica de receptores canônicos de morbillivírus, codificados por CD150/SLAMF1 (ref. 15) e NECTIN4 (ref. 16) .

Neste artigo, caracterizamos o morbilivírus Myotis bat (MBaMV) de uma espécie de morcego vespertilionídeo (Myotis riparius) no Brasil, previamente identificada apenas a partir de informações de sequência. MBaMV usou Myotis spp. O CD150 é muito melhor do que o CD150 humano e canino em ensaios de fusão. Confirmamos isso usando MBaMV ao vivo que foi resgatado por genética reversa. Surpreendentemente, o MBaMV foi replicado em células mielóides humanas primárias, mas não em células linfóides, e o fez de maneira independente de CD150. Isso contrasta com o MeV, que é conhecido por infectar células mielóides e linfóides humanas CD150+. Além disso, o MBaMV foi replicado em células epiteliais humanas e usou nectina-4 humana quase tão bem quanto o MeV. No entanto, o MBaMV P/V não parece antagonizar as vias de indução e sinalização do interferon humano (IFN), e o MBaMV foi neutralizado de forma cruzada, embora em extensões variáveis, por soros vacinados contra sarampo, caxumba e rubéola (MMR). Nossos resultados demonstram a capacidade do MBaMV de infectar e replicar em algumas células humanas que são críticas para a patogênese e transmissão do MeV. No entanto, uma avaliação abrangente das características virais fornece dados para uma avaliação adequada de seu potencial zoonótico.

100 nuclei upon infection (bright field), which is clearly outlined by virus-expressed GFP (right). Scale bars, 500 µm. This experiment was performed three times, and representative images are depicted. b, MBaMV plaque formation in Vero-bCD150 cells. Cells were infected by ten-fold serially diluted virus stock, incubated with methylcellulose-containing DMEM and stained with crystal violet and neutral red 7 d.p.i. Diameter of well is 22 mm. One well is magnified to show the plaque morphology in detail. c, TEM images of MBaMV virion on the surface of Vero-bCD150 cells at 3 d.p.i. Numerous enveloped virions are budding from or are associated with the plasma membrane (left). Filamentous particles can also be seen (asterisks). Magnified image (right) shows virion and ribonucleoprotein complex (RNP). These images are from one independent experiment./p> N > P > M > F > RBP > L (Extended Data Fig. 5a). Morbilliviruses have a conserved intergenic motif (CUU) between the gene end and gene start of adjacent genes ‘AAAA-CUU-AGG’. This intergenic motif was not immediately apparent in the long complex M-F intergenic region of the assembled MBaMV genome. However, the high coverage of this M-F intergenic region (M read-through transcripts) identified the M-F intergenic motif as ‘CGU’ instead of ‘CUU’ (Extended Data Fig. 5b)./p>30 µM in animal models, indicating this drug could be an effective inhibitor of MBaMV in vivo./p>60 novel paramyxovirus sequences were identified in a 2012 bat surveillance study, several of which mapped to the Morbillivirus genus4. Recent metagenomic surveys confirm that bats harbour diverse orthoparamyxoviruses5,6,7. While comparing novel virus sequences with known pathogens may help inform the risks associated with future spillover events, this type of in silico modelling based on viral sequences should also be complemented by functional characterization of such viruses. In a previous study, we identified a full-length morbillivirus genomic sequence from M. riparius bats in Brazil7. Here we generated an infectious clone of this virus using reverse genetics. Furthermore, no recombinant virus was detected during the sequencing experiments. With this approach, we circumvented the arduous process of isolating and culturing live virus directly from animals and instead produced MBaMV in the lab./p>2× T1 75 cm2 flasks). These passage 2 (P2) stocks were titred, frozen down in aliquots and used for all experiments./p>

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